После прихода к власти М. Горбачева стало постепенно меняться отношение к японским браконьерам. Советский лидер ради получения инвестиций из Страны восходящего солнца, готов был пойти на многие уступки правящим кругам соседнего государства. Активно действовал в этом направлении и бывший министр иностранных дел СССР Э. Шеварнадзе. Он выступал за либеральный подход к "морским пиратам", дабы не навлечь гнев официального Токио и тем самым не сорвать ожидаемый "большой приток" японского капитала в экономику Страны Советов.

В годы пресловутой перестройки в Москве организовалась мощное прояпонское лобби, щедро финансируемое из Токио. Его влиятельные представители тоже оказывали влияние на складывающие отношения между СССР и Японией. Они публично заявляли, что японских рыбаков, занимающихся промыслом морских биоресурсов в акватории Южных Курил, нельзя считать браконьерами, так как те ведут добычу рыбы и морепродуктов в прибрежных водах островов, которые якобы были "незаконно оккупированы СССР в 1945 году, а потому являются "северными территориями" Японии.

Пограничники Курильских островов на себе испытали ветер перемен, которые принесли "перестройка, демократизация и гласность". Но политика, проводимая тандемом Горбачев - Шеварнадзе, не встретила поддержки у большинства офицерского корпуса, для которых на всю жизнь была только одна профессия - защита Родины. По прежнему основную нагрузку в борьбе с браконьерами продолжали нести моряки Малокурильской бригады сторожевых кораблей пограничных войск КГБ при Совете Министров СССР. В 1967 году эту воинскую часть за заслугу в охране государственной границы и экономических интересов страны наградили орденом Красной Звезды, а через 20 лет - орденом Красного Знамени.

По свидетельству бывших моряков-офицеров, им "сверху" не раз "по-дружески" рекомендовали действовать с учетом внешнеполитической обстановки. То есть, если называть вещи своими именами, закрывать глаза на браконьерские вылазки. Но редко кто-либо из тех, кому Родина доверила охрану морских рубежей, шел на сделку со своим долгом и совестью.

Многое в жизни моряков-пограничников изменилось после развала СССР. Почуяв слабость молодого государства, закордонные браконьеры стали вести себя в российских территориальных водах как у себя дома. Бороться с ними стало трудно и сложно. У Малокурильской бригады нередко не хватало топлива для выхода кораблей на границу. Многие из судов уступали в скорости пиратским шхунам. Зачастую испытывали дефицит авиационного керосина их верные и надежные помощники - пограничные самолеты и вертолеты.

Резкие перемены, которые произошли в России после 1991 года, отрицательно повлияли на состояние морального климата в бригаде. Часть офицеров и мичманов по разного рода причинам уволилась со службы. На флот стали призывать даже тех, кого в годы советской власти не брали в стройбат. Возникли трудности с дисциплиной, "дедовщина", о которой раньше только слышали, появилась на кораблях. В довершение ко всем трудностям после мощного землетрясения, случившегося в ночь с 4 на 5 октября 1994 года, возникли новые, причем довольно сложные проблемы. Многие жилые здания и объекты военного назначения были признаны аварийными, а некоторые из них разрушили подземные толчки.

В августе 1993 года в бригаде выявили факты хищения оружия. Этот вопиющий случай постарались замять, и он не получил широкой огласки. А командование, дабы избежать подобных историй и не осложнять свою жизнь, приказало изъять личное оружие у всех, кому оно полагалось. Понадобились годы, прежде чем устав снова стал главным законом для всех моряков бригады.

Хаос и разруха, царившие в стране в 90-е годы, конечно же, отрицательно сказались на состоянии охраны морских рубежей на южных Курилах. Граница, ещё не так давно находившаяся под надежным замком, превратилась чуть ли не в проходной двор. Если раньше пограничники приносили большой доход в госказну, то с образованием Российского государства их записали с подачи "демократов" в нахлебники, живущих за чужой счет. И все-таки, несмотря на такую непростую ситуацию, они продолжали нести службу.

Так, например, подводя итоги операции "Путина-94", начальник Тихоокеанского пограничного округа генерал-полковник В. Седых отметил следующее. По его словам, только в Тихоокеанском регионе России суммы штрафов и средств от реализации конфискованных орудий лова и морепродуктов за 1994 год составили 400 млрд. (неденоминированных) рублей. Это более чем в полтора раза больше суммы годовых расходов на содержание войск Тихоокеанского погранокруга. Так что недаром несли службу пограничники, в том числе моряки Малокурильской бригады сторожевых кораблей. И если бы не пограничники, то от богатейших подводных плантаций Южнокурильского промыслового района к нашим временам могли остаться только воспоминания.

В начале 90-х годов, после того как рухнул так называемый "железный занавес" и российские рыбаки получили право продавать свои уловы за границу, к иностранным браконьерам прибавились ещё и отечественные. Причем, "свои" пираты действовали похлеще закордонных. Они не стеснялись ни в средствах, ни в методах незаконного промысла. Именно наши нанесли значительный урон морским биоресурсам в прибрежных водах южных Курил. Именно доморощенные браконьеры существенно подорвали не так давно богатейшие запасы таких ценных морепродуктов как креветка, трепанг, морской еж, краб, морской гребешок и т.д.

Нередко они действовали под прикрытием пограничников и таможенников, которые закрывали глаза (и вряд ли бескорыстно) на незаконный вывоз за границу браконьерских уловов. В 1994 году в Южно-Курильске разразился скандал, который, правда, быстро замяли. Начальник таможенного поста отправился на оформление стоявшего в бухте рыболовного судна и пропал. Его искали несколько дней. Спустя некоторое время стало известно, что тот выехал на родину, в одну из бывших "братских социалистических республик". По слухам, он получал "дань" в валюте с каждого судна, которое сдавало добытые рыбу и морепродукты в Японию. Видимо, почуяв, что запахло жаренным, начальник поста подался в бега и спрятался там, где стал недоступен для российского правосудия. Злые языки на Кунашире утверждали, мол, и потом продолжалось "крышевание" российских браконьеров.

После долгих лет анархии пограничникам трудно было наводить порядок в территориальных водах и в своих рядах. Иные из них, имеющие власть и большие полномочия, не устояли перед соблазном пожить красиво за чужой счет. За взятку в 10 тысяч долларов несколько лет лишения свободы получил бывший начальник Южно-Курильской морской инспекции. Этот человек, занимавшийся охраной морских биоресурсов, вымогал такую сумму у одного из местных рыбопромышленников, обещая закрыть глаза на сверхлимитный промысел. Опять-таки, по слухам, он брал мзду и с других южнокурильских бизнесменов, которые специализировались на добыче рыбы и морепродуктов. Но, как говорится, не пойман - не вор.

Во многом благодаря российским браконьерам в 90-е годы произошел экономический расцвет севера Хоккайдо. Ранее прозябавшие японские рыбацкие деревушки, расположенные как раз напротив Кунашира, превратились в ухоженные и процветающие города. Японцы, работая с нашими рыбаками, диктовали свои условия, от которых нельзя было отказаться. Нередко привезенные уловы приходилось продавать по бросовым ценам. Ущерб от браконьерства в Южнокурильском промысловом районе оценивается в астрономические суммы, точную цифру никто точно не может назвать. Россия понесла колоссальные экономические потери от действий иностранных и отечественных "морских пиратов".

Положительные перемены в морбригаде произошли после существенного повышения жалования офицерам и набора для службы в погранвойсках на контрактной основе. Рубль укрепил дисциплину в воинской части. Контрактники, набранные из различных регионов страны, получают такое жалование, которое в разы выше зарплат многих жителей Шикотана. Разного рода ЧП стали большой редкостью. Морские пограничники по-прежнему несут нелегкую, а порой и опасную вахту, продолжают борьбу с браконьерами всех мастей, в том числе и с отечественными, которые ради наживы не прекращают заниматься незаконным промыслом на шельфе южных Курил.