Приоритетным направлением в работе Дальневосточной транспортной прокуратуры продолжает оставаться надзор за исполнением экологического законодательства, а также законодательства о безопасности на водном транспорте.

В акватории портов р. Амур, Охотского и Японского морей угрозу для судоходства, мореплавания и экологической безопасности представляют затонувшие суда , владельцы которых вопреки требованиям ст. 210 Гражданского кодекса Российской Федерации не принимают мер по их подъему.

В 2013 году Камчатским, Комсомольским-на-Амуре, Находкинским, Николаевским-на-Амуре и Магаданским транспортными прокурорами в суды направлено 11 исковых заявлений с требованием обязать собственников поднять затонувшие суда и принять меры по их утилизации.

В случаях, когда собственник судна неизвестен, прокуроры требуют признать его бесхозяйным и обратить в доход государства.

В настоящее время по 6 заявлениям суды удовлетворили требования прокуроров в полном объеме.