Наиболее резонансной инициативой Андрея Крайнего на посту главы Росрыболовства стали планы по введению платы за любительскую рыбалку. После ряда акций протеста ведомство предложило взамен систему фиш-карт, дающих право рыбачить в течение определенного периода. В январе 2012 года премьер Владимир Путин потребовал "оставить людей в покое", и Андрей Крайний заявил, что платной рыбалки в России не будет.

В апреле 2010 года сахалинские общественные объединения призвали правительство навести порядок в отрасли и отправить в отставку ее руководителя. Их негодование вызвали решение о реорганизации территориальных управлений и неразбериха с распределениями квот на вылов рыбы. Сам чиновник расценил демарш как протест "серого" бизнеса.

Ведомство пережило ряд коррупционных скандалов. Одним из самых громких стал происшедший в июне 2010 года инцидент, когда пытавшийся уйти от погони ФСБ чиновник Росрыболовства выкинул из окна машины взятку в 10 млн руб. Тогда агентство получило официальное предупреждение СКР об устранении причин, способствующих коррупции.

В апреле 2011 года глава Росрыболовства выступал свидетелем в суде по делу своего помощника Игоря Бакулина, обвиняемого в получении $250 тыс. за победу в аукционе по распределению квот по вылову лосося. Господин Крайний считал подчиненного невиновным, но суд приговорил его к трем годам колонии.

МУРМАНСК, 7 апр. 2010 - РИА Новости. Создание рыбных рынков - знаковый проект для рыбной отрасли, и государство будет всячески поддерживать их строительство, так что у рынка в Мурманске есть шансы стать первым в России и начать работать уже в этом году, рассказал на пресс-конференции в Мурманске в среду глава федерального агентства по рыболовству Андрей Крайний.

"Необходимо создать альтернативную систему торговли, рыбный рынок будет ориентирован на определенную продукцию, и покупатели будут знать, за чем они идут", - сказал Крайний. По его мнению, отечественная торговля не заинтересована в реализации рыбы дешевых пород, в этом случае и наценка будет ниже. В магазины сети "Океан", которых открыто уже 67 по всей стране, покупатель идет сознательно.

"В каждом прибрежном городе должен быть создан рыбный рынок. Это для нас знаковый проект. Я хочу, чтобы рынок в Мурманске заработал уже в этом году", - сказал Крайний. Росрыболовство обещает всяческую поддержку рыбным рынкам, по словам Крайнего, две трети ставки рефинансирования по кредитам будет субсидировано.

Идее создания рыбного рынка в Мурманске для реализации охлажденной и живой рыбы - уже несколько лет. Сейчас у нее появился проект общей стоимостью в 400 миллионов рублей. Предполагается, что рынок "Нептунея" будет возведен в южной части города на берегу Кольского залива, его площадь составит 4 тысячи квадратных метров. На начальном этапе строительства здесь будет создано 100 рабочих мест, к концу строительства - 70.

Андрей Крайний познакомился с проектом рынка и поручил подготовить все необходимые документы до 15 апреля, когда планируется его следующий визит в Мурманск.