По мнению учёных, основными причинами негативных изменений в экосистеме озера Котокель с 90-х годов являются последствия вселения чужеродного вида водных растений - элодеи канадской, а также хозяйственная и рекреационная нагрузка на водоем. Об этом сообщил и.о. министра природных ресурсов РБ Александр Лбов.

Однако на сегодняшний день, наблюдается улучшение состояния водных биоресурсов озера по сравнению с 1995-2009 годами. Прекратилась массовая гибель рыбы, возвращаются на гнездование птицы. В конце июня 2011 года Байкальским филиалом "Госрыбцентра" была проведена комплексная съёмка озера Котокель. Первичные данные показали, что кормовая база в озере восстанавливается. На заиленных песках снова появились двустворчатые моллюски, фактически исчезнувшие в середине 90-х годов. По предварительным данным, уровень развития зоопланктона также высокий.

Вместе с тем, зафиксированы случаи гибели окуня. По акватории встречаются недавно погибшие экземпляры с внешними признаками аэромоноза (язвы на теле) и сильного истощения (возможно, диплостомоз). При этом другие виды рыб среди погибших не отмечены. В тоже время отмечается заметно возросшая биомасса рыб в озере. Как и в середине 90-х годов, наблюдается большое количество молоди леща. Внешний вид подавляющего большинства исследованных рыб, высокая накормленность и жирность свидетельствуют о благоприятных условиях нагула в озере Котокель.

С 2009 года по настоящее время приостановлено использования водоёма в рекреационных, питьевых и хозяйcтвенно-бытовых целях, прекратился сброс сточных вод в озеро. Сдерживающим фактором также остаётся вероятность заболевания людей при употреблении рыбы, в которой уже накоплены опасные для человека токсины, в том числе окуня и леща, возраст которого может достигать 20 и более лет. Напомним, в Прибайкальском районе республики 17 июля был зарегистрирован случай с тремя пострадавшими - гражданами КНР. Заболевание связано с употреблением в пищу леща, выловленного в озере Котокель.

Предотвратить истощение водоёма и возобновить процессы его самоочищения позволит повышения уровня воды в озере. Для этого необходимо произвести расчистку и дноуглубление русла р. Коточик. Общая стоимость таких работ составит 16,6 млн. рублей. Осуществление мероприятий планируется за счет средств федерального бюджета.